シャングリア大陸の中心国、グランディア王国が、逆臣によって帝国となり、十六年。大陸は抑圧と絶望の中にあった。大陸北部の村で暮らしていた少女エステルは、帝国兵の襲撃を機に、自分がグランディア王国の王女である事を知る。大陸の平和を目指した『優女王』である母の遺志を継ぎ、大陸解放の旗頭として立つ事を決意するエステル。だがそれは、神の意志に逆らう大いなる戦いの、ほんの始まりに過ぎないのであった。