山賊に育てられた少年ネロは、ある日、家族同然の山賊達を皆殺しにした女傭兵から、自分がバルリエット国王と『召喚の巫女』の子供である事を告げられる。
世界が衰退に瀕した時に現れる巫女の血を引く『奇跡の御子』フェイトとして、滅びの女神『エンディ』の使徒『焉獣（エンド）』を駆逐する為、王位を狙う王弟イディオの手にかからずにバルリエットへ帰郷する旅路へ連れ出されたネロは、世界には無い歌を使った『魔法』を行使する。
そして、女傭兵もまた、ネロの想像の及ばない、大きな秘密を抱えていた。
これは、戦いと愛憎、陰謀と、世界の秘密にまつわる、滅びの運命に抗う若者達の物語。