終末戦争で荒れ果てた遠未来。巨大ロボット『巨神機アトラス』を狩る少女ユーリは、『世界の始まる場所』を目指す少年エルシスと出会う。運命に導かれるようにかの場所へ至ろうとする二人。しかしその道のりは、困難に満ちていた。